Tumor DNA Analytik im Gewebe

In den letzten Jahren wurden zunehmend Hochdurchsatzsysteme entwickelt, die die gleichzeitige Sequenzierung von Millionen einzelner DNA-Fragmente ermöglichen (Next-Generation Sequencing). Routinemäßig nutzen wir in Zusammenarbeit mit dem MZV Labor Dr. Fenner und Kollegen das Ion AmpliSeq™Cancer Hotspot Panel v2. Es erlaubt, von kleinsten DNA-Mengen aus einem einzigen Primer-Pool mittels Multiplex-PCR DNA-Fragment – Bibliotheken von den genomischen ‚hot spot‘ -Regionen herzustellen, die häufig in humanen Krebsgenen mutiert sind. Diese ‚hot spot‘ -Regionen umfassen ~2800 COSMIC Mutationen von 50 Onkogenen und Tumorsuppressorgenen, bei der die Gene KRAS, BRAF und EGFR umfassend abgedeckt werden. Der Vorteil des NGS ist die gering einzusetzende DNA-Menge von etwa 10 ng pro DNA-Probe und die Möglichkeit sowohl kryokonservierte als auch formalinfixierte Gewebeproben zu analysieren.